平凡的社会新鲜人——樱坂工兵历经严峻的就职活动后，终于得以就职于某系统开发公司。而负责指导他的室见立华，是个外表怎么看都只有十几岁少女般的超级工作狂!?社长又无视实际的工作状况胡乱接下订单，工兵只得立刻担起了实战工作的重任，到底工兵的系统工程师生涯能否顺利熬过呢？

突然出现在人类面前的神秘飞翔体“灾”。意味着灾厄的此一存在凭借异样的战斗力凌驾于所有的航空战力之上。 为对抗他们而开发的，便是对现有机体进行特别调整以实现超水准高机动力，被称为“子体（DAUGHTER）”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛（ANIMA，意为灵魂）”的操纵机构。而它──竟拥有少女的外表。 因「灾」的缘故而失去驾驶员母亲的少年“鸣谷慧”，他遇见了闪耀鲜红光辉的瑞典制战斗机以及驾驶它的阿尼玛“格里芬（GRIFFIN）”。 身为人类最终兵器却动作不稳定的格里芬，还有一心向往天空的少年，两人漫长且炙热的故事就此展开。