寄生在人体内的未知生物和青年间谍，开始了有期限的逃亡生活。
身为企业间谍的青年·江间宗史，在因任务而造访的研究设施中，与过去熟识的女大学生·真仓沙希未重逢。
还未来得及叙旧，便被卷入对设施的破坏工作中。
拯救了濒死的她的，是还在秘密研究中的未知的细胞。
“我，是——什么——？”
沙希未体内的生命-被称作“阿尔吉侬”，在她伤愈，身体恢复之前，和宗史开始了同居生活——
窗外的景色，电视画面还有桌上的金鱼缸……所有映入眼帘的东西都新鲜而又耀眼。
“邪恶的怪物，应该被消灭。你的愿望，并没有错哦。”
那是接受了终结的到来，但依然怀着过上人类生活的“幸福”的愿望的，某个生命存在的五天。

圣杯，那是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。圣杯战争，则是为了使这圣杯出现并将其夺取的杀戮的仪式。
由圣杯选择出的七名魔术师，他们被称为Master。而由圣杯选择的七位英灵，他们被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来，被称为Servant。
而每个Master就与Servant的其中一人结下契约，与其他的Master与Servant争夺圣杯，也就是说，要除掉其他的魔术师，存活到最后，以证明自己是最强的。
这，就是发生在冬木市的圣杯战争。